離子電泳儀采用離子電泳技術（Ionophoresis）（也稱微電泳技術），通過在微電極內的藥物溶液與標本浴液之間建立一個電位差，將藥物離子從電極尖端向浴液中驅趕出去。維持這個電位差所需要的電流就是注射電流（Ejecting current）。為防止在不施加藥物時電極尖端藥物的滲漏，常常需要給予一個小幅度的滯留電流（Retaining current、Holding current或Backing current）。作用于標本上的藥物濃度依賴于電泳電流的大小、電泳電極于標本之間的距離、藥物的滲漏等。離子電泳儀適用于施加能夠離子化的藥物。